馬偕醫學院是以基督教的宗旨來建立的一所私立醫學院，成立於2009年。
馬偕紀念醫院的董事會遂於1995年開始籌設醫學院，立意以耶穌基督救世服務人群的愛心，效法馬偕博士「寧願燒盡，不願鏽壞之精神，結合馬偕紀念醫院既有之臨床醫療基礎、充沛之研究與教學能力，培育富有尊重生命、關懷弱勢族群之醫療專業人纔，並以基督信仰為基礎，提供學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育訓練為前提，設校興學。歷經十數年的努力，於2009年3月30日立案申請通過，教育部准予立案並同意於同年開始招生。
馬偕醫學院初期將成立兩個科系——醫學系與護理學系，並有生物醫學研究所。以一流之教學資源、最佳的課程規劃、最人性化的建築設計、最合理的生師比例、加上豐富的學習資源等，成為一流的醫學院，期能與國際名校相匹比。同時也已和國外知名大學洽商合作，尤其將經由基督長老教會的國際資源與著名基督教大學結盟。此外，馬偕醫學院將提供學生「公費生就學獎助學金」等多項獎學金及減免學雜費辦法，鼓勵學生奮發向上、減輕家長負擔；並以馬偕紀念醫院為學生實習場所，也將與其他醫學中心策略合作，尤其同屬臺灣基督長老教會系統的彰化基督教醫院和新樓醫院策略合作。馬偕醫學院之畢業生馬偕紀念醫院將優先晉用。
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