臺東大學依各系所專業領域的特性，統合相關資源，配合地方需求，近、中、遠程目標共規劃師范、人文、理工等三個學院，其他學院未來視需要再繼續規劃。
臺東大學在作育教育英纔之外，將配合臺東觀光休閑、民族藝術、南島文化、人文自然景觀及體育發展，發展為具有地方特色的學府，帶動地方繁榮，提昇地方教育文化水准，以後更將發展成區域性、國際性的綜合性大學。
臺東大學主要開設如下方面的專業課程：數學、美術產業、英美語文學、華語文學、數位媒體與文教產業、生命科學、身心整合與運動休閑產業、應用科學、資訊工程、音樂、資訊管理、綠色科技產業、兒童文學研究、南島文化研究、區域政策與發展研究、教育、幼兒教育、社會科教育、特殊教育、體育、語文教育研究。
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