二○○七年七月六日正式向教育部提出籌設計劃書，經過多次審查會議與會勘之後，二○○八年十二月十五日教育部准予籌設，並於二○○九年元月八日核准本校設立基督教神學研究所招收道學組〈M.Div.〉與基督教研究組〈MCS〉的學生。
二○○九年四月二十日教育部同意設立學校財團法人中華浸信會，臺北地方法院於二○○九年六月十六日核發法人證書，並於二○○九年七月十七日完成土地、建物及基金過戶。原計劃盡速完成立案，並於二○○九學年度在教育部體制下招生，但因過去在內政部體制下的學經歷不被教育所承認，沒有合格的校長人選，故只好等候立法院通過「教育人員任用條例」之修訂。經一年之等候，此條例尚未通過修訂，但迫於准予籌設之後必須於三年內完成立案之規定，董事會於二○一○年四月份之會議中決議權宜作法，以徐德修教授之名申請立案，並由現任之蔡瑞益牧師擔任副校長治理學校，向教育部申請立案。
二○一○年六月九日接獲教育部核准立案登記，並於二○一○年六月十四日核准招生辦法。二○一○年七月十日截止報名，七月二十一日至二十二日辦理招生。
立案後本校將走上新的裡程碑，但仍執著過去辦學的方向，雖然在教育部體制下辦學對本校而言是新的經驗，但若能全然靠主，謹慎自守，儆醒禱告，必能完成主的托付。
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